分子微生物学实验室所接触的有害微生物，通常将微生物实验室划分成清洁区、半污染区、污染区。在污染区应使用生物安全柜，以保护工作人员的健康。现代微生物学实验室还必须具备有空气调节和过滤的设备。
微生物实验室一般由准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等空间组成。不同行业性质的微生物实验室不同，对应的实验室设计规划装修建设方案也就不同。
1.需要为实验室安全运行、清洁和维护提供足够的空间；
2.实验室墙壁、天花板和地板应当光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀，地板应当防滑；3.台面应是防水的，并可耐消毒剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度的作用；
4.应保证实验室内所有活动的照明，避免不必要的反光和闪光；
5.实验室器具应当坚固耐用，在实验台、柜和其它设备之间及其下面要保证有足够的空间以便进行清洁。
6.应当有足够的储存空间来摆放随时使用的物品，在实验室的工作区外还应当提供另外的可长期使用的储存间。
7.应当为安全操作以及储存镕剂、压缩气体和液化气提供足够的空间和设施。
8.实验室的门应有可视窗，并达到适当的防火等级，尽量可以自动关闭
9.防护系统应当包括消防、应急供电、应急淋浴以及洗眼设施。
10.有可靠和充足的电力供应和应急照明，以保证人员安全离开实验室。
11.设备的设计、建造与安装应便于操作、易于维护、清洁、清理污染和进行质量检验，尽量避免使用玻璃以及其它易碎的物品。
