疾控中心实验室不仅要求防止环境因素对实验室的污染和实验之间的交叉污染，同时还要防止实验过程中所使用的生物危害和潜在生物危害向周围环境释放造成污染。

为了合理组织人流、物流、避免交叉污染，实验室平面布局应满足实验区与非实验区相互隔离；人员经更衣室更衣后进出实验区；物品，特别是大型仪器设备经垂直通道到达楼层后可直接进出实验区。

疾控中心实验室废气系统

实验时会产生一些有害气体，这些废气直接排放到大气中，会对人类和环境造成很大的污染。在设计时要明确要求设计方进行废气处理设计，以便预设风管，废气通过风管引入喷淋塔进行处理，废气净化喷淋塔置于楼顶天面上，风机与循环加压水泵联动，以便建成的实验室废气排放符合环境保护的相关要求。

疾控中心实验室固体废物系统

固体废料的处理方法有：蒸汽灭菌方法、气体熏蒸方法、液体浸泡方法、辐射灭菌方法、焚烧处理方法等。

疾控中心实验室废水系统

实验废水排水系统，按所排除的污水性质、成分和被污染的程度并结合室外排水系统的情况，可设置分流排水或合流排水系统：  

对于含有一般致病微生物的实验废水，宜设置专用排水管道，以便污水消毒。对于含有放射性物质的实验废水，在小型实验室，当废水量较小，放射性物质浓度不大时，可合成一个排水系统。  

对于排出的废水量较小，但浓度高时，可采用特制的专用容器就地进行收集后，送往集中废水贮存槽，然后送往外协废水处理厂。  

在大型实验室，应根据排出的废水中放射性物质浓度和化学性质等，可设置一个或几个排水系统分流排出，需要处理的废水排至废水集中处理设施或外协的公共废水处理厂进行处理。  

对于混合后更为有害的实验废水，当不同化学成分的废水混合后的反应对管道有损害或可能造成事故时应分流排出。

对于毒理实验室，为了能够顺畅地排除实验动物房粪便，需要设置较一般下水大直径的排水管道，因此，宜单独安装专用的排水系统。  

对于含有机溶剂的实验废水，由于有机溶剂往往不溶于水，它们不但有毒有害，而且多有强烈的异味，会随排水支管道进入其他实验室的水封而散发至室内。因此，经常使用有机溶剂的实验室，应尽量集中布置，并单独安装专用的排水管道。  

实验废水常含有酸、碱、氰、铬等无机污染物，对于这些实验废水，有条件的也宜考虑设置独立的排水管道，对于三级以上生物安全实验室的废水，设置独立的排水系统。